Aparatem generującym ultradźwięki można wykonać również zabieg fonoforezy. Fonoforeza jest to zabieg ultradźwiękowy, gdzie substancją sprzęgającą jest żel przeciwbólowy lub przeciwzapalny.
Zabieg polega na wprowadzeniu leku przez skórę za pomocą ultradźwięków. Działanie lecznicze zależy zarówno od wpływu ultradźwięków, jak i rodzaju użytego leku. Najczęściej wykorzystuje się preparaty w postaci żelu, które działają przeciwbólowo, przeciwzapalnie, znieczulająco oraz poprawiają ukrwienie.